A trentotto anni compiuti a febbraio è arrivata la decisione del ritiro dal calcio giocato per Fernando Llorente. E' partito dai Paesi Baschi e ha raggiunto il tetto del mondo con la nazionale spagnola alzando al cielo il Mondiale in Sud Africa nel 2010 e l'Europeo in Polonia e Ucraina due anni più tardi a scapito dell'Italia di Cesare Prandelli. A questo aggiunge due campionati italiani, due Coppe Italia, due Supercoppe Italiane e una Europa League. Per un totale di 675 presenze con 203 reti fra Spagna, Italia e Inghilterra per un centravanti forte fisicamente ma bravo anche palla al piede.
L'ultima partita disputata risale al 5 giugno 2022 quando giocò la semifinale di ritorno dei Playoff della Liga spagnola con la maglia dell'Eibar. Non è stata una stagione esaltante per chiudere con il calcio in termini di reti, solamente due, ma come al solito si è messo al servizio dei compagni. All'età di 38 anni ha deciso di dire basta ufficialmente con il calcio giocato dando l'annuncio sul suo profilo Instagram:
Nato a Pamplona, in Navarra, ma cresciuto poi nella piccola cittadina di Rincón de Soto, nella provincia della Rioja, all'età di dieci anni ha lasciato la famiglia per trasferirsi a Bilbao andando a vivere nella cantera rojiblanca. Veste la maglia dell'Athletic fin dalle giovanili arrivando in prima squadra con cui esordisce il 16 gennaio 2005, tre giorni dopo trova una tripletta in Copa del Rey. Otto anni in biancorosso con una Europa League sfiorata nel 2012 con la sconfitta in finale contro l'Atletico Madrid per arrivare al 2015 quando decide di andare via a parametro zero dopo aver perso la titolarità.
Sbarca in Italia con la maglia della Juventus fortemente voluto da Antonio Conte che cercava una punta forte fisicamente da affiancare a Carlos Tevez. L'iberico paga un momento iniziale di scarsa forma fisica dovuta alla lontanza dal campo con il Bilbao diventando decisivo nella seconda metà di stagione dove conquista lo scudetto che segue la Supercoppa Italiana vinta appena sbarcato a Torino. Il secondo anno in bianconero è condizionato dal cambio in panchina con l'arrivo di Massimiliano Allegri ma anche di Alvaro Morata in attacco gli toglie il posto da titolare.
Svincolatosi dalla Juventus, il 27 agosto 2015 torna in Spagna trovando un accordo con il Siviglia. Il fato vuole che nella fase a gironi di Champions League si trovi di fronte i bianconeri a cui segna la rete decisiva degli andalusi per terminare terzi nel girone e scendere in Europa League. Proprio quella sua rete spalancò le porte alla terza vittoria consecutiva a fine stagione del torneo continentale. Il 5 agosto 2016 viene acquistato dai gallesi dello Swansea City, squadra militante in Premier League, dove termina la stagione con 15 gol in campionato.
Il 31 agosto 2017 viene venduto per 13 milioni di euro al Tottenham. Deve aspettare dicembre per trovare la prima rete con gli Spurs nel match di Champions League contro l'Apoel Nicosia. Il 17 aprile 2019, in occasione del ritorno dei quarti di finale di Champions League in casa del Manchester City, segna il gol del definitivo 3-4 per la sua squadra permettendo al club del nord di Londra di tornare in semifinale della massima competizione europea per la prima volta dopo 57 anni. A fine stagione si svincola dal club biancoblù visto il mancato rinnovo di contratto.
Il 2 settembre 2019, a 34 anni, si trasferisce al Napoli a parametro zero convinto da Ancelotti che però rimase pochi mesi con il cambio con Gattuso che lo mise ai margini della rosa. A gennaio 2021 quindi passa sei mesi all’Udinese prima del suo ritorno in Spagna con la maglia dell’Eibar.