La Transnistria ha invocato l'aiuto della Russia per contrastare ancor di più la Moldavia nella sua lotta per l'indipendenza. Una dura presa di posizione contro il governo di Chisnau, che dovrà far fronte ancora una volta con le nuove pressioni di questo territorio che si è autoproclamato Repubblica nel 1990. In Moldavia, tuttavia, esiste anche un'altra entità territoriale autonoma filo-russa chiamata Gagauzia.
Secondo il Codice Legale della regione, la Gagauzia è un'unità territoriale autonoma situata all'interno della Repubblica di Moldova con uno status giuridico speciale. Poco prima della dissoluzione dell'Unione Sovietica, questo territorio si dichiarò indipendente nel 1990 ma la Moldavia nel 1994 riuscì a trovare un compromesso concedendo larghe autonomie. I rapporti con il governo centrale dunque sono piuttosto tesi. La superficie della Gagauzia è pari a 1832 chilometri quadrati, che si estendono in maniera non contigua nella zona meridionale della Moldavia.
Questo territorio conta oltre 150mila abitanti, suddivisi principalmente in quattro città. Oltre alla capitale Comrat, dove vivono più di 20mila persone, figurano anche Ceadîr-Lunga, Vulcanești e Avdarma. La lingua ufficiale è il gagauzo ma gli abitanti parlano anche il rumeno, lingua ufficiale della Moldavia, e il russo. La bandiera della Gagauzia è composta da una banda di colore blu, seguita da una bianca e una rossa che risultano più piccole rispetto a quella superiore.
In alto a sinistra, inoltre, spiccano tre stelle dorate. Il blu è un richiamo alle origine turche del popolo gagauzo mentre il bianco era utilizzato proprio dalle popolazioni turche per richiamare l'Occidente. Il rosso invece rappresenta la determinazione e il coraggio mentre le tre stelle stanno ad indicare il passato, il presente e il futuro della Gagauzia.
La Governatrice della Gagauzia è Evghenia Guțul, giurista che ricopre questo incarico dal luglio 2023 e che non ha nascosto alcune simpatie per la Russia. Del resto già Irina Vlah, che ha guidato la Gagauzia dal 2015 allo scorso anno, ha assunto delle posizioni autonomiste e filorusse.
Nel febbraio 2014 le autorità gagauze hanno indetto due referendum consultivi, considerati illegittimi dalla Moldavia. Gli elettori si espresso favorevolmente riguardo l'ingresso della Gagauzia nell'Unione Doganale con Russia, Bielorussia e Kazakistan. Inoltre, il corpo elettorale accolse con favore la proposta di proclamare l'indipendenza in caso di adesione della Moldavia all'Unione Europea. Il governo di Chisnau, dunque, non è preoccupato soltanto dalla questione legata alla Transnistria.